Nội dung chính của hai phần phim sẽ kể về quá khứ của Himura Kenshin khi còn là một sát thủ và giải thích về nguyên nhân anh mang trên mặt vệt sẹo chữ X. Câu chuyện cũng sẽ cho khán giả gặp gỡ Yuskishiro Tomoe cũng như mối quan hệ của cô với Kenshin đồng thời giải thích vì sao Ensishi Yukishiro lại thù hận với lãng khách này đến như thế. Enishi vốn là em trai của Tomoe và là phản diện chính của phần phim cuối cùng.