Sau thất bại tan nát dưới tay của Godzilla ở Trái Đất, Haruo Sakaki và các đồng minh của mình chạm trán với một bộ tộc thổ dân bí ẩn có nguồn gốc từ loài người bị bỏ lại trên Trái đất 20.000 năm trước, và khám phá ra một pháo đài cơ giới hóa cỡ thành phố được hình thành từ những người chống Godzilla đã mất từ lâu vũ khí Mechagodzilla.