Chuyện phim Thiên Nga Bóng Đêm bắt đầu từ Lee Ra El (Seo Ye Ji thủ vai) là một cô gái dành hết tình yêu thương cho bố mẹ, cô có một người bố thông minh và một người mẹ xinh đẹp. Một ngày nọ, những thế lực tàn ác bí ẩn đã sát hại bố cô và cũng từ đó mà gia đình Lee Ra El bắt đầu đảo lộn. Mặc dù chỉ là một cô gái bé nhỏ nhưng Lee Ra El đã âm thầm chuẩn kế hoạch trả thù cho cái chết của bố mình suốt 13 năm.